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Los primeros misioneros enviados por la Alianza Cristiana y Misionera se radicaron desde un inicio en la ciudad de Quito en el año de 1897. Luego se les unieron Carlos Chapman y Carlos Pol, llegados en octubre de 1986; Y Homero Crisman, quien junto a Guillerno E. Reed, habían llegado en enero de 1897 bajo los auspicios de la Unión Misionera Evangélica.
Después de un tiempo se les unió Alfonso Muñoz, primer pastor aliancista ecuatoriano. Posteriormente en 1922 Guillermo Reed, se uniría a la Alianza para colaborar junto con otros creyentes e iniciar lo que sería el Templo Alianza en Guayaquil.
En noviembre de 1912, se inauguraba el primer templo aliancista en el país. Esto ocurrió en Junín, Manabí. En julio de 1917, se inauguró el templo en Montecristi; en diciembre de 1922 se hacía lo propio con el templo en las calles Cuenca y Milderos en la ciudad de Quito.
Conforme la obra misionera se extendía, la obra nacional también se fortalecía; y es así que en la Asamblea convocada por el misionero David Clark el 25 de mayo de 1945, (donde concurrieron delegaciones de catorce iglesias se conformó la Iglesia Evangélica Ecuatoriana Alianza Cristiana y Misionera). Por la gracia de Dios en la actualidad son más de 300 iglesias y continúa en crecimiento dentro del territorio nacional y extendiendo la obra misionera a otros países.
La Misión Alianza, finalmente en junio de 2009, bajo la dirección del Misionero Miguel Welty, se retira del país para continuar con su labor en otras regiones no alcanzadas.
